Der FlexFonds soll die bisherigen gesetzlichen Finanzierungsinstrumente Sicherstellungsfonds und Strukturfonds ergänzen und für mehr Spielraum sorgen. Er sieht arztgruppenunabhängige sowie arztgruppenübergreifende Fördermöglichkeiten vor, um Maßnahmen zur Sicherstellung der vertragsärztlichen Versorgung schnell, progressiv und flexibel zum Beispiel anhand von Versorgungspfaden mit definierten Patientenpopulationen umzusetzen. Ausgangspunkt für eine Förderung ist demnach nicht eine definierte Arztgruppe, sondern eine anhand der Bedarfs- bzw. Versorgungsplanung identifizierte Handlungsnotwendigkeit.
Die Vertreterversammlung der KV Bremen entscheidet sowohl über die Höhe des FlexFonds als auch über konkrete Fördermaßnahmen mit einer Zweidrittel-Mehrheit der anwesenden Mitglieder. Auf diese Weise wird gewährleistet, dass nur Vorhaben unterstützt werden, die im Sinne einer breiten Mehrheit sind.